Az őssejt beültetése előtt alkalmassá kell tenni a beteget annak befogadására. Megfelelő donor és beteg esetén a beteg speciális előkezelésben (kondicionálás) részesül. A kezelés célja a beteg saját vérképző rendszerének és immunrendszerének legyengítése vagy elpusztítása, alkalmassá téve ezáltal a beteget a donorsejtek befogadására.

A kondicionáló kezelés az alapbetegségtől függően változik. Nem rosszindulatú betegségekben a cél az immunológiai előkészítés, azaz a donorsejt megtapadásának biztosítása. Rosszindulatú betegségekben a transzplantációt előkészítő hagyományos kezelés (kondicionálás) nagydózisú kemoterápia, amelyhez kapcsolódhat egésztest-besugárzás vagy történhet sugárkezelés nélkül. A sugárkezelést helyettesíthetik nagy dózisban adott kemoterápiás szerek is. A ma már hagyományosnak tekinthető, nagy dózisú kondicionáló kezelést csak fiatalabb (50-55 év alatti) betegek kezelésében javasolják alkalmazni, akiknek életfontosságú szervei orvosi szempontból jó állapotban vannak. Ez a korlátozás sajnos sok beteget kizár a transzplantációs kezelés lehetőségéből.

Az utóbbi években a klinikai kutatások középpontjába kerültek a csontvelői vérképzést nem teljesen elpusztító transzplantációs előkezelésekkel kapcsolatos vizsgálatok. A stratégia alapja, hogy kevésbé toxikus szereket alkalmaz, és nem pusztítja el teljesen a csontvelői vérképzést. Ez a kondicionáló kezelés sem nélkülözi azonban az immunrendszer erőteljes legyengítését, mivel ez biztosítja a beadott donorsejtek megtapadását.